Sinopse

Obcecado pela vingança contra o Rei dos Jogos, Seto Kaiba inicia uma escavação no Egito para encontrar os fragmentos do Millennium Puzzle, que uma vez manteve o espírito da "contraparte Yuugi". No entanto, um homem camuflado rouba duas peças do Puzzle e desaparece antes que possa ser reconstruído. Enquanto isso, agora, no último ano do ensino médio, Yuugi Mutou e seus amigos planejam seus futuros, sem saber do perigo que está por perto. Yu'Gi! O Lado Negro das Dimensões conta a história das forças vingativas distorcendo a realidade como quiserem. Seto e Yuugi superarão suas diferenças e salvarão o mundo, ou a própria ganância de Seto o vencerá? [Escrito por MAL Reescrever]